کاخ چهل ستون اصفهان در دوران شاه عباس اول ساخته شد و در زمان فرمانروایان بعدی صفوی مانند شاه عباس دوم تکمیل شد و توسعه پیدا کرد. چهل ستون در اصل تنها ۲۰ ستون دارد. ولی انعکاس آن در حوض کاخ، چهل ستون را پدید آورده است. احتمالا یکی از دلایل این نامگذاری، تقدس عدد چهل در مذهب شیعه یعنی دین رسمی فرمانروایان صفوی که مروج آن در ایران بودند، می باشد.
وقتی اصفهان پایتخت ایران شد، طرح‌های متفاوت و عظیم در این شهر تاریخی به اجرا درآمد. ساخت خیابانی بانام چهارباغ و باغ‌های پیرامون آن‌یکی از این طرح‌ها بود. باغ چهلستون یکی از مهم‌ترین این باغ‌ها به شمار می‌رفت و در حقیقت، باغ‌های دیگر را به هم متصل می‌کرد و این خیابان را به میدان نقش‌جهان مرتبط می‌ساخت.
کاربری کاخ چهلستون اصفهان محل دیدار با نمایندگان و سفرای خارجی و یک مرکز سلطنتی حکومت صفویه بوده است. در دوره شاه‌عباس اول، به‌فرمان وی عمارت کلاه‌فرنگی یا کوشک برای مهمانان خارجی و داخلی ساخته شد. این کوشک هسته اولیه کاخ بود. زمانی که شاه‌عباس دوم به قدرت رسید، این کوشک ساده توسعه پیدا کرد و تالارهای متعدد مانند تالار 18 ستون، آینه، اتاق های مجلل و بزرگ به آن افزوده شد. عمارت جدید به کمک هنرهای گوناگون ایرانی مانند آینه کاری، نقاشی، کاشی کاری و مقرنس کاری تزئین شد و صاحب لقب مبارک ترین بنای دنیا شد. حوضی زیبا هم در مقابل بنا ساخته شد و زیبایی کاخ را دوچندان کرد. ساخت کاخ چهل ستون در سال 1057 ه.ق پایان یافت و باحضور مهمانان خارجی و داخلی و شاه افتتاح شد.
موزه چهل ستون در مهر ماه سال ۱۳۲۷ پایه‌گذاری شد و پس از چند مرحله بازسازی و مرمت کاخ چهلستون، اکنون موزه چهلستون میزبان آثار خطی و نسخ تاریخی، ظروف تزئینی و آثاری در حوزه هنرهای زیبا مانند قالی و قالیچه و اشیای سفالی و چینی و غیره است. اشیای موجود در موزه چهلستون شامل این مجموعه‌ها هستند: مجموعه آثار سفال و کاشی، مجموعه ظروف شیشه‌ای، آبگینه، مجموعه سکه از ماقبل تاریخ تا کنون، مجموعه آثار دوران تاریخی و آثار دوران اسلامی، مجموعه آثار دوران صفویه مانند نسخ خطی کوفی قرآن و قباله‌های ازدواج، مجموعه سنگ نگاره ها و نوشته های تاریخی، مجموعه فرش های دست باف منحصر به فرد و قدیمی.
قسمت های مختلف کاخ موزه چهلستون شامل: تالار ۱۸ ستون، تالار آئینه، شیرهای سنگی چهار گوشه حوض مرکزی، تزئینات عالی طلاکاری و نقاشی‌های سالن پادشاهی، تصویری از شاه عباس اول با تاج مخصوص، آثاری مانند سر در مسجد قطبیه و سر درهای زاویه درب کوشک و آثاری از مسجد درب جوباره و مسجد آقاسی که بر دیوارهای ضلع غربی و جنوبی باغ نصب شده‌است. موزه چهل ستون پس از موزه گلستان، دومین کاخ موزه کهنسال ایران به شمار می‌رود.
