محراب الجایتو زیباترین محراب گچبری جهان است. در شمال ایوان استاد، شبستان کوچکی قرار دارد که زیباترین محراب گچبری مسجد در آن واقع است. این شبستان که به مسجد الجایتو نیز معروف است دارای محرابی است که به مثابه گوهری تابناک از هنر ایرانی در جهان از شهرتی عظیم برخوردار است. بر این محراب زیبا نام سلطان محمد خدابنده ایلخان مشهوری که قبل از اسلام آوردن لقب الجایتو را داشت و بعد از مسلمان شدن خود را خدا بنده نامید و وزیر دانشمند او محمد ساوی و سال ساختمان آن یعنی ۷۱۰ هجری قمری به چشم می خورد. نقوش اسلیمی، خط نسخ، خط کوفی تزئینی، خط ثلث و گردش بند اسلیمی و قاب اسلیمی و نقوش انتزاعی و گیاهی در این محراب جلوه نمایی می کند.
