در زبان تالشی نام بومی این دژ قله رخون می‌باشد و نام قلعه رودخان که نام رسمی این مکان بوده، مترادف فارسی نام بومی آن است. دلیل نامگذاری این دژ به نام قلعه رودخان و یا همان قله رخون، این بوده که در کنار رودخانه‌ی رخون بنا شده و قلعه رودخان به معنای قلعه‌ای است که در کنار رودخانه قرار دارد. این دژ در برهه‌های مختلف تاریخ دارای نام‌های متفاوتی بوده است که از جمله‌ی آن‌ها می‌توان به قلعه‌ی هزارپله، حسامی، سکسار، سگسار و سگسال اشاره کرد. نام حسامی به این دلیل بر این دژ گذاشته شد که مرمت آن توسط حسام الدین دباج اسحقی صورت گرفته بود. عنوان هزار پله نیز واضح است که به دلیل تعداد پله‌های رسیدن به قلعه به آن نسبت داده شده است. نام سگسال نیز به این دلیل به این دژ گفته می‌شود که در سال سگ ساخته شده است. این قلعه در دوره‌ی ساسانیان و مقارن با حمله‌ی اعراب به ایران بوده است. این دژ به دلیل موقعیت دفاعی و استراتژیک خود در دوره‌ی سلجوقیان مورد توجه قرار گرفته، تجدید بنا شده و به عنوان یکی از پایگاه‌های مبارزاتی اسماعیلیان الموت مورد استفاده قرار می‌گرفته است. بر روی کتیبه‌ی سردر ورودی قلعه که اکنون در موزه‌ی گنجینه‌ی رشت نگهداری می‌شود، درج شده که این قلعه در سال ۹۱۸ تا ۹۲۱ هجری قمری برای سلطان حسام‌الدین تجدید بنا شده است. امیره حسام الدین دباج فومنی (مظفرالسلطان)، فرمانروای بیه‌پس اولین قدرت منطقه‌ای بود که از اطاعت از صفویان سرپیچی کرد، و قلعه رود خان را بازسازی کرد تا از آنجا به مقاومت بپردازد ولی موفقیتی به دست نیاورد و به دربند گریخت و نهایتا دستگیر و در تبریز اعدام شد. قلعه رودخان با وجود عظمتی که دارد تا سال ۱۸۳۰ میلادی ناشناخته بود تا اینکه در این سال، آلکساندر بوریکو خوچکو محقق ایران‌شناس لهستانی، زمانی در نوشته‌های خود به آن اشاره کرد. وی درباره قلعه رودخان چنین نوشته است: دژی است بر بالای کوهی در قسمت علیای رودخانه‌ای به همین نام، بام آن سنگی است و طرفین ورودی دارای دو برج دفاعی مستحکم است و بر کتیبه سردر ورودی آن حک شده است که این قلعه برای نخستین بار در سال ۹۱۸ تا ۹۲۱ هجری قمری برای سلطان حسام الدین امیر دباج بن امیر علاءالدین اسحق تجدید بنا شده است. قلعه رودخان در۳۰ مرداد ۱۳۵۴ خورشیدی در لیست آثار ملی ایران ثبت گردید.
